La phase de qualification permet de garantir la qualité et la sécurité des produits sanguins délivrés aux patients. Les tubes d'échantillons prélevés sur le donneur sont acheminés vers un laboratoire de Qualification Biologique du Don (LQBD). L'EFS en compte 17, recevant chacun entre 1 500 et 6 000 tubes échantillons par jour. La qualification permet d’avoir les données nécessaires à la compatibilité donneur-receveur et de maîtriser le risque de transmission de maladies infectieuses. Elle participe également au dépistage d’anomalies ou de particularités chez le donneur lorsqu’elles sont mises en évidence à l'occasion des examens biologiques pratiqués.

 
Les tubes subissent deux types d'analyses :

La caractérisation du sang du sujet. Il s'agit d'effectuer des analyses immunohématologiques (recherche du groupe sanguin ABO, du groupe Rhésus, du groupe Kell…), permettant d'éviter les accidents dus à des transfusions incompatibles.

La recherche de maladies transmissibles qui peuvent exister dans le sang d'un donneur, notamment VIH-SIDA, Hépatite B, Syphilis, Hépatite C, HTLV…

A la suite de cette étape de qualification du prélèvement, les résultats sont assemblés, validés et disponibles pour l'étiquetage des produits sanguins labiles, ce qui permet une traçabilité totale de la poche de sang.

Grâce à ces tests et à l’ensemble des étapes du processus de qualité des produits, le risque infectieux est aujourd'hui quasi nul. Chaque acteur de la chaîne (donneur, infirmier, médecin, biologiste, transporteur...) contribue ainsi à la sécurité du don. L’EFS est d’ailleurs certifié Iso 9001 et s’impose des exigences organisationnelles et un système de qualité très strict.

Les progrès en dépistage ont été considérables ces dernières années, sur le plan technique, avec des automates de plus en plus performants, intégrés et sécurisés, et sur le plan de l'organisation, plus efficiente.

Même si chaque don est testé et analysé, il subsiste encore un risque de contamination : entre le moment où une personne est infectée par un virus ou une bactérie et le moment où cette maladie est décelable, il existe en effet un délai, appelé fenêtre sérologique. Durant cette période, le sang prélevé peut être infectieux et il peut donc être transmis au malade. L'entretien médical préparatoire prend ici tout son sens : le médecin peut alors déterminer en quelques questions si le donneur a pu être en contact avec un virus ou une bactérie.